Với việc Hậu Tần bị diệt, Lưu Dụ được trông đợi sẽ tiến về phía tây bắc để chinh phục các nước còn tồn tại ở đó bao gồm: Hạ, Tây Tần, Bắc Lương, và Tây Lương. Vào thời điểm này, (Tây) Tần Văn Chiêu Vương Khất Phục Sí Bàn, (Bắc) Lương Vũ Tuyên Vương Thư Cừ Mông Tốn, và (Tây) Lương Vũ Chiêu Vương Lý Cảo đều bị đe dọa đến mức họ trên danh nghĩa đã khuất phục Đông Tấn. Tuy nhiên, lúc này Lưu Mục Chi lại qua đời, và Lưu Dụ có ý định chiếm ngai vàng nên đã quyết định đích thân trở về Kiến Khang, để lại người con trai mới 11 tuổi Lưu Nghĩa Chân (劉義真) và các tướng của ông là Vương Trấn Ác, Thẩm Điền Tử, Mao Đức Tổ (毛德祖), và quan Vương Tu (王脩) phụ trách cai quản Trường An.

Với việc Lưu Dụ rời khỏi Trường An, Hoàng đế Hạ Hách Liên Bột Bột có ý định chiếm Trường An. Ông sai các con trai là Hách Liên Hội (赫連璝) và Hách Liên Xương, cùng với tướng Vương Mãi Đức (王買德) dẫn đầu ba lộ quân tiến đến Trường An trong khi cho cắt đứt tuyến đường cấp lương thải giữa Lạc Dương và Trường An. Trong khi đó, do Vương Trấn Ác và Thẩm Điền Tử trước đó có hiềm khích với nhau, Thẩm Điền Tử đã nghi ngờ Vương Trấn Ác nổi loạn nên đã giết chết họ Vương. Vương Tu sau đó cho hành quyết Thẩm Điền Tử, nhưng Lưu Nghĩa Chân sau đó tin rằng các cáo buộc về việc Vương Trấn Ác nổi loạn là đúng và Vương Tu cũng sẵn sàng làm như vậy nên lại cho giết Vương Tu. Khi Vương Tu bị hành hình, Lưu Nghĩa Chân không tự mình giám sát, ông lo sợ quân Hạ nên đã rút tất cả quân lính vào trong thành Trường An, sau đó quân Hạ vây thành. Lưu Dụ hay tin này đã cử Chu Linh Thạch đến thay Lưu Nghĩa Chân và lệnh Lưu Nghĩa Chân rút lui. Tuy nhiên, quân của Lưu Nghĩa Chân cướp phá Trường An và không thể rút lui nhanh chóng, họ bị quân Hạ tiêu diệt tại Thanh Nê (青泥, nay là Tây An, Thiểm Tây), gần như toàn bộ binh lính của Lưu Nghĩa Chân bị giết hoặc bị bắt làm tù binh. Lưu Nghĩa Chân chỉ có thể một mình thoát thân, vùng Trường An rơi vào tay Hạ, song Đông Tấn vẫn giữ được vùng Lạc Dương.

Trong khi đó, Lưu Dụ đã chấp thuận tước hiệu Tống công và cửu tích vào mùa hè năm 418, ông lại bắt An Đế phong cho mình làm Tống vương, nhưng sau đó lại công khai từ chối. Trong khi đó, ông bị thuyết phục về một lời nguyền rằng: "Sẽ có hai hoàng đế nữa sau Xương Minh." (Xương Minh, nghĩa là "bình minh," là tên tự của Hiếu Vũ Đế, cha của An Đế.) Ông sau đó đã hạ quyết tâm giết chết An Đế, và nhiều lần âm mưu đầu độc, song do em trai của An Đế là Tư Mã Đức Văn luôn ở cùng anh trai nên âm mưu này không thể thực hiện được. Tuy nhiên, khoảng tết năm 419, Tư Mã Đức Văn bị ốm và về phủ của mình. Sát thủ của Lưu Dụ là Vương Thiều Chi (王韶之) đã nắm lấy cơ hội để giết chết An Đế theo Tư trị thông giám, bằng cách bện quần áo vào một sợi dây thừng và rồi dùng nó để siết cổ An Đế. Sau đó, Lưu Dụ lập Tư Mã Đức Văn làm hoàng đế.